Для ленивых:

Здесь не изображен сам сюжет игры. Здесь лишь предыстория того, что сложится в конечном итоге.
* Есть незначительные отклонения от оригинальной истории.

Прошло два с половиной года с тех пор, как Наруто ушел из деревни, чтобы пройти тренировки Джирайи.
Эти два с половиной года пролетели незаметно, но за них успело многое случиться, как хорошего, так и плохого.

Деревня Скрытого Листа
Жизнь в Деревне Скрытого Листа идет своим чередом. Отношения Конохи с другими странами улучшается, особенно улучшился их союз с Деревней Скрытого песка.
Цунаде повзрослела и стала еще лучшей Хокаге, чем была два года назад, но вот дико употреблять спиртное и любить деньги не перестала. Благодаря её правлению и твердости духа дела деревни стали еще лучше. Повысился уровень выполнения миссий и заданий разного типа. Благодаря этому деревня становилась богаче и успешнее, чем раньше. Также наладился выгодный импорт и экспорт товаров.
Секреты деревни, секретные техники и тайны находятся под строгим надзором, а также засекречены, так сильно, как это возможно. После той истории, которая произошла три года назад, на страже деревни стоят множество шиноби, чтобы больше никогда не произошло такого же инцидента. О чем же идет речь? О вторжении деревень Звука и Песка на территории Листа во время экзамена на чуунина.
Что же касается людей, живущих в этой деревне?
Их жизнь шла своим чередом, без войн и каких-либо проблем.
Сакура стала прекрасным ниндзя-медиком, под руководством Цунаде; Шикамару все еще был лентяем, который не хотел лишний раз напрягаться в том или ином деле; Ино отрастила волосы, подросла и стала еще красивее, чем была; Чоджи все еще много ел и сердился из-за слова "толстый"; Хината похорошела, подросла, стала сильнее, чем была, но одно в ней не изменилось - любовь к Наруто, которую она так берегла; Акамару вырос и теперь не он сидит на голове Кибы, а Киба сидит на нем. Они также хорошо ладят и прекрасно выполняют свои миссии; а вот Шино совсем не изменился: он также любит насекомых и скрывает свое лицо, говорит стихами и странно себя ведет; Неджи стал джоунином в свои юные года; а Рок Ли тренируется без устали, чтобы стать сильнее кого угодно.
Какаши и Гай все еще спорят, и, как всегда, впереди Какаши со счетом 45:44 в его пользу. Отношения Асуми и куренай становятся все крепче и сильнее и, возможно, вскоре у них будет пополнение. Ирука все еще преподает в академии и пытается, как сделал это раньше с Наруто, привести Конохомару к нормальному поведению. Но вряд ли у него это получится, так как Конохамару и Наруто, как две капли воды.
Но даже не смотря на все это не стоит забывать и о проблемах, которые появились в стране Огня. Деревня столкнулась с проблемами в виде организации "Акацки", о которых ничего не известно, а также их планы оставались загадкой. Все, кого они посылали что-либо узнать о них, не возвращались живыми.
Кажется грядет что-то страшное и невероятное.

Деревня Скрытого Песка
За эти два года в Суне многое что изменилось: они пересмотрели свои взгляды на другие деревни, стали улучшаться отношения с другими странами. Главным союзником страны песка стала деревня Скрытого листа, ниндзя которой всегда были готовы прийти на помощь Суне. И самое главное, что случилось - это становление Гаары казекаге. Он самый молодой каге среди всех. Благодаря ему и произошли изменения в Деревне Скрытого Песка.
Благодаря его доброте, которая у него появилась благодаря Наруто, жители деревни полюбили его и перестали бояться. Дети не боялись посмотреть ему в глаза, а родители не говорили своим же детям: "не смотри на него и никогда не общайся с ним!". Те, кто его ранее ненавидел, теперь относятся к нему с уважением. Однако были те, кому совсем не нравилось то, что Гаара - носитель однохвостого - стал во главе деревни. Это не нравилось не только жителям, но также и Совету старейшин, а особенно Чиё, которая не признавала Гаару. Но другие старейшины с удовольствием помогали править молодому Казекаге, помогали принимать ему решения, помогали с политикой и многими другими вещами.
Повысился уровень выполнения миссий. Улучшились отношения внутри страны. Внешняя и внутренняя политика были хорошо развиты и деревня не уступала в этом Конохе.
Отношения между Темари, Канкуро и Гаарой заметно улучшились и перерастали в крепкие семейные узы, которые невозможно разорвать.
Но не смотря на все хорошее, происходили и плохие вещи. В деревне произошла утечка информации и никто не мог понять, каким образом. Из-за это появилось некое недоверие, так как любой мог оказаться предателем. Однако все эти переживания не выходят за границы резиденции Казекаге.
Гаара собрал своих самых преданных и верных помощников, а именно Темари, Канкуро и Баки, чтобы те провели расследование, не привлекая лишнего внимания.

Деревня Скрытого Облака
Это селение находится среди высоких гор и, в прямом смысле, спрятано в облаках.
Райкаге этой деревни является Ёцуки Эй.
Деревня скрытого облака обладает огромной боевой мощью, благодаря двум хвостатым лисам, которые находятся в их власти. Их джинчуурики - это Киллер Би и Нии Югато, которые имеют полную власть и контроль над своим хвостатым демоном. И это благодаря тому, что они прошли особые тренировки на острове-черепахе. Отношения Би и Гьюки (восьмихвостым) стали больше походить на дружбу, нежели на что-то другое. Однако все равно их силы были меньше, чем сила девятихвостого внутри Наруто.
Но даже не смотря на это, другие деренви относились к ним с подозрением, так как если бы Райкаге захотел захватить другие деревни, то ему бы не составило это трудно, опять же благодаря хвостатым.
Ёцуко Эй был наслышан о организации "Акацки", которая внезапно появилась и её целью было похитить всех хвостатых демонов. Он принимает решение оберегать хвостатых демонов.
Но даже не смотря на это, он не смог удержать около себя двуххвостого. На одном из задании Нии Югато встречается с двумя членами Акацки, она заявляет им, что они умрут, но вместо этого, после долгой и сложной битвы, погибает Югато, а двуххвостый уходит в руки Акацки.
Вскоре деревни узнали об этом и теперь всеми силами оберегали хвостатых демонов, которые находились в их деревнях.

Деревня Скрытого Тумана
Скрытый туман за эти два года не потерял звание "кровавый".
Ранее эта деревня получила название "Деревня Кровавого Тумана" . Почему? Потому что руки ниндзя были покрыты кровью из-за того, что во время экзаменов на  генина ученики академии сражались с друг другом и убивали другу друга для того, чтобы закончить академию ниндзя. Но после того, как вся партия учеников была убита Момочи Забузой, этот указ отменили
В течение этих двух лет многое произошло и это все нельзя назвать хорошим. Хоть кровавый указ и отменили, но звание у страны осталось. Вся политика Ягуры строилась на терроре, который постепенно рушил все взаимодействие, все хорошее в деревни. Многие люди перестали доверять даже своим друзьям. К тому же политика и виды Ягуры были таковы: он был готов пожертвовать любимым ниндзя на благо деревни.
Но вскоре всплывает правда: Ягура контролировался Учихой Обито и именно от его уст были изданы все эти приказы. Но узнали об этом слишком поздно, так как Ягура пропал. Точнее его похитили Акацки, забрали у него Биджу и тем самым убили его.
После этого к власти пришла Теруми Мей, которая всеми силами попыталась сделать акт, чтобы звание "Кровавый туман" навсегда стерлось с памяти других деревень. Теперь не было никакого террора, не было жестоких правил и указов. Деревня Скрытого Тумана начала улучшаться благодаря новой Мизукаге.
В стране, если так можно сказать, воцарился мир и взаимопонимание. Но долго ли оно продлиться?

Деревня Скрытого Камня
Эта деревня является одной из альянса пяти стран шиноби. В её главе стоит старик Тсучикаге, которому уже давно пора на пенсию, но он не собирается покидать свою должность. По крайней мере не сейчас.
Эта деревня окружена горными хребтами, которые повышают в несколько десятков раз защиту деревни. Вокруг деревни множество водопадов, которые позволяют сделать защиту деревни чуть ли не идеальной.
Деревня Скрытого Камня не зря называется таковой. В ней множество зданий и башень, которые состоят лишь из камня и соединяются они между собой мостами. Самая высокая башня - это резиденция Тсучикаге.
Что же изменилось в ней за эти два года?
В первом сезоне Наруто об этой деревни почти ничего не было сказано. Все внимание уделялось Конохе и Суне, однако деревня Скрытого Камня существовала, в ней происходили свои перевороты, свои внутренние проблемы, своя политика. И эта деревня развивалась также, как и другие деревни. В ней также были прекрасные шиноби, которые хорошо выполняли свои миссии, однако они были более жестоки, чем, например, ниндзя из Конохи. Внешняя и внутренняя политика страны развивались, но не так быстро, как в Скрытом песке или в Скрытом Листе. И это не из-за того, что ей не занимался Тсучикаге. У этой деревни было свое темное прошлое, а именно Дейдара. Он был выходцем этой деревни, который успешно предал и благодаря ему были похищены четырех. и пятихвостый биджу.
Из-за этого инцидента многие деревни все еще с опаской относятся к  этой деревне, не доверяя ей даже на половину.
Но существует в этой деревне еще одна проблема - в ней случилась гражданская война, которая разделила деревню на две части. Из-за чего? Поползи слуги о Тсучикаге, и после этих слухов половина захотели свергнуть его. Она длилась уже полгода и приближалась к своему заключению.
Чем же эта гражданская война закончится?

Деревня Скрытого Звука
Её лидер - это предатель деревни, один из трех великих Санинов - Орочимару, который любит проводить опыты над людьми, вытаскивать из них техники, учить их, а затем проверять на других. Так же он заинтересован секретом вечной жизни и именно этому отдает все свое время.
Хотя нет, не все. Больше времени у него уходят на тренировки Саске Учиха, который ушел из Конохи к нему два с половиной года назад, после того, как на экзамене чуунина Орочимару поставил на нем проклятую метку.
Саске являлся будущим сосудом саннина и поэтому змей уделял ему много внимания.
В прошлом эта деревня враждавала с другими деревнями и чаще всего одерживала победу, благодаря уникальным способностям кланов, что находились в ней. Однако после этих двух лет все изменилось. Деревня Скрытого Звука затихла и о ней не было никаких вестей. И это из-за Орочимару, из-за того, что эта деревня играла роль его убежища, его поля для тренировок и его жертв для своих экспериментов.
Многие пытались пробраться в убежище Орочимару, чтобы разузнать его секреты, а также узнать, живы ли их родные, которых он похитил, но это никогда не заканчивалось удачей. Все они отправлялись на разделочный стол саннина.
И сейчас, по прошествии двух лет, деревня вновь замолчала. Однако лишь потому, что у Орочимару был свой план, который он, после прошествии этих двух лет, смог осуществить. Что же это за план? Воскресить Учиху Мадару и заставить его работать на себя.
Однако об этом никто не знает. Орочимару очень осторожничает с этим. К тому же он понимает, что даже имея власть над Мадарой, Учиха может пойти против него, разрушив все его планы.

Акацки
Акацки - это организация шиноби-отступников, предателей своих деревень, которые стали преступниками S ранга.
Лидером Акацки является Пейн, о котором почти ничего неизвестно, как членам организации, не считая Конан, так и всем деревням альянса шиноби. Он очень скрытен и осторожен.
Два с половиной года назад об этой организации никто не знал и даже не подозревал. Однако все изменилось из-за того случая, когда Итачи Учиха и Кисаме Хошигаке попытались захватить Наруто, чтобы извлечь из него девятихвостого.
После этого случая всем деревням было объявлено об этой ситуации, а вскоре стал ясен план этой организации. Они хотели захватить всех хвостатых демонов. И им это удавалось.
За эти два года они захватили пятихвостого и семихвостого пол работы было сделано. Не смотря на все усилия деревень, не смотря на всю силу джинчуурики, они не могли победить эту организацию, а джинчуурики, при встрече с ними, не могли их толком даже ранить.
Все деревни были взволнованы этой организацией, так как понимали, что она несет огромную опасность. Они попытались огородить джинчуурики от выхода из деревень, от одиночных миссий, так как не могли позволить Акацки захватить оставшихся хвостатых демонов.
Их убежище все еще неизвестно и вряд ли кто-нибудь сможет найти его.
Но деревни даже не представляют всей той опасности, которая предстоит им, когда Акацки заберут себе всех хвостатых демонов.
Никто даже подумать не может о том, что когда почти все хвостатые буду собраны, начнется Четвертая Великая Война Шиноби, которое будет кровожаднее, масштабнее и опаснее, чем все три предыдущих.